60年来，研究所立足西部，面向全国，围绕我国畜牧业生产中带有全局性、前瞻性的重大科学技术问题，重点在草食动物资源与育种、草食动物营养、兽用化学药物、兽用天然药物、兽用生物药物、中兽医理论与临床、奶牛疾病以及旱生牧草资源与育种等领域承担国家和地方的畜牧兽医学基础研究、应用研究和开发研究项目。其中草食动物资源与育种和兽用药物创制学科在国内属优势重点学科，处于领先地位，中兽医理论与临床和奶牛疾病研究等方面也取得了重大进展，通过实施中国农业科学院科技创新工程，构建了长期稳定支持为特点的科研组织模式，研究所学科布局进一步优化，创新能力进一步提升。为我国现代畜牧业的快速发展提供了科技支撑。建所以来，研究所承担科研课题1336余项，获奖250项。
畜禽针灸技术的研究、“大通牦牛”新品种及培育技术、新兽药“喹烯酮”的研制与产业化等12个成果获得国家级奖励。
农牧区动物寄生虫病药物防控技术研究与应用、牦牛良种繁育及高效生产关键技术集成与应用等49项成果获得省部级一等奖。
青藏高原牦牛良种繁育及改良技术、奶牛乳房炎综合防治配套技术的研究及应用等78项成果获得省部级二、三、四等奖。
高山美利奴羊新品种培育与应用、丹参抗菌有效成分的代谢转化与构效关系研究等48项成果获得中国农业科学院奖励。
优质肉用绵羊提质增效关键技术研究与示范、黄白双花口服液和苍朴口服液的研制与产业化等90项成果获其他奖励。
