兽药研究室始建于上世纪50年代。1958年，中国农业科学院中兽医研究所成立之初，就设有药理研究室。1966年4月，中国农业科学院将哈尔滨兽医研究所的药学、抗生素等4个研究室迁至兰州，组建中国农科院兽医研究所。1979年，中兽医研究所恢复重建后，设有抗生素研究室和中草药研究室；1983年，增设化学药物研究室和生化研究室。1994年，调整设立化学药物研究室和天然药物研究室；1996年，增设生物工程制药研究室。1996年，中国农业科学院中兽医研究所与中国农业科学院兰州畜牧研究所合并后，成立中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所，下设化学药物研究室、天然药物研究室和生物工程制药研究室。2000年，化学药物研究室、天然药物研究室和生物工程研究室合并组建新兽药工程重点实验室。2011年改称兽药研究室。2010年，甘肃省新兽药工程重点实验室成立。2011年，农业部兽用药物创制重点实验室成立。
    研究所是新中国成立以来最早开展兽药研究的专业性科研机构，一直开展化学药物、天然药物和抗生素等基础研究和应用研究，专业优势十分突出，在国内兽药研究领域始终居于“领头羊”的位置。自2000年以来，兽药学科针对规模化养殖中畜禽和宠物、经济动物重要细菌性、寄生虫性、病毒性和炎症等感染性疾病等，利用天然药物基因组学及化学组学、有机合成化学、药物化学、分析化学、计算机辅助设计、生物工程、现代药物评价等为研究技术和手段，以创制防治动物疾病的高效安全药物为目标，围绕兽药创制，加大药物作用机理、筛选技术、靶标发现等基础研究，加强分子药理学研究及围绕食品安全的药物残留与耐药性机理研究。目前，主要开展兽用中草药的有效成分、结构、药理作用和现代化的生产技术研究。开展兽用化学药物的合成和兽用抗生素及饲料添加剂的研究，筛选抗菌、支原体、寄生虫、病毒、炎症的有效药物，改进或提供新的兽用药物，已形成了兽用化学药物、兽用天然药物、兽用生物药物、药物代谢动力学、药物残留研究、兽药残留与安全评估等研究方向，长期承担创新兽药的研制与开发以及与之相关的基础研究工作，重点开展动物新药创制基础理论、药物作用机理和安全评价研究。先后承担了国家自然科学基金项目、863子课题、国家科技支撑计划、科研院所技术开发专项资金项目、国家现代农业产业技术体系岗位科学家、甘肃省科技重大专项、农业科技成果转化项目、甘肃省科技重大专项、国际合作项目、公益性科研院所基本科研业务费，横向合作课题等项目150余项。研究涉及新兽药创制、药物筛选评价、生物转化以及药物代谢动力学、药物作用机理、药理学、药物残留、药物耐药性等领域。在兽用化学药物研制与应用、兽用天然药的研制与应用、生物药物的研究与开发、药物的筛选与评价、药物作用机理、药物耐药性研究等方面取得了丰硕的成果。大部分成果已处于我国同类或相关研究的前列，部分成果已达到国际领先水平。
    本学科的科技人员研制出我国拥有自主知识产权的4个国内一类新兽用化学药物中的3个。即静松灵、痢菌净和喹烯酮。1975年研制成功的动物麻醉新药“静松灵”，成为我国兽医临床首选药物一直沿用至今，获1980年农业部技术改进奖一等奖。1986年研制成功广谱抗菌新药“痢菌净”，目前全国有近10家痢菌净原料药生产企业和近300家痢菌净制剂企业，产生的直接经济效益300多亿元，对扑灭我国南方地区流行的猪密螺旋体病起到了关键作用。“痢菌净”为我国养猪业的发展发挥极其重要的作用，获1987年国家科技进步二等奖。2003年，研制成功国家一类新药“喹烯酮”，目前有包括中国牧工商（集团）总公司在内的30余家生产企业生产，年产量近1000吨，获2009年国家科技进步二等奖。此外还研制成功了“AEI化学灭能剂”、六茜素、消睾注射液等10多个新药。
    2000年以来，承担了各级科研项目100余项，完成科技成果鉴定20余项，获得国家科技进步二等奖1项，省部级奖励4项，兰州市奖励7项，中国农业科学院奖励9项；获国家一类新兽药证书2个；获国家发明专利授权22项，新型实用专利授权1项；发表科技论文1500余篇，其中SCI论文40余篇；主编出版著作5部，培养博士、硕士研究生50余人，外国留学生1人。目前，兽药学科拥有农业部兽用药物创制重点实验室、甘肃省新兽药工程重点实验室、中国农业科学院新兽药工程重点实验室、兽药GMP中试生产车间和SPF标准化实验动物房等科技支撑平台。有固定科研人员24人，其中，研究员4人，副高级技术职务人员10人；博士生导师3人，硕士生导师8人；拥有博士学位8人，博士后经历4人，硕士学位11人；国务院政府特贴享受者1人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家1人，中国青年科技奖获得者1人，农业部新兽药审评专家2人，中国农业科学院二级杰出人才1名，三级杰出人才1名；拥有兽药学博士后流动站、兽药学和基础兽医学硕士、博士点。

    主任：李剑勇  电话：0931-2115290
    副主任：尚若锋  电话：0931-2115253